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Modele de acvarii de pesti

En plus de la subdivision en trois biovars, Y. pestis manifeste un certain degré de polymorphisme de longueur de fragment de restriction selon le ribotypage et l`électrophorèse de gel de champ pulsé (5), même parmi les souches isolées d`un seul pays (6). Cependant, le sérotypage et le typage du phage n`ont pas révélé de diversité. De plus, les résultats de l`hybridation ADN – ADN (7) indiquent que Y. pestis est très apparenté à Y. pseudotuberculosis et que les séquences de leurs rRNA 16S sont identiques (8). Ces résultats ont abouti à la proposition (7) que Y. pestis et Y. pseudotuberculosis devraient être reclassifiées comme deux sous-espèces apparentées. Cependant, Y. pestis provoque la peste bubonique fatale et est transmise par piqûres de puces tandis que Y. pseudotuberculosis est transmise par la voie fécale-orale et conduit rarement à la mort. Pour ces raisons et en raison de l`importance historique de Y.

pestis pour l`histoire humaine, le reclassement de Y. pestis et de Y. pseudotuberculosis a été rejeté par les microbiologistes médicaux. Les raisons des différences de virulence entre y. pestis et y. pseudotuberculosis sont encore inconnues, mais peuvent refléter le fait que y. pestis contient deux plasmides spécifiques aux pestis (9), dont l`un encode la toxine murin, un homologue de la phospholipase D qui facilite la colonisation de l`intestin moyen des puces (10), § améliorant ainsi la transmission de l`hôte à l`hôte. Les quelques chromosomique localisées, les propriétés associées à la virulence identifiées jusqu`à présent dans Y. pestis sont également trouvées dans au moins certaines souches de Y. pseudotuberculosis et ne sont pas pensées pour tenir compte des différences dans leur potentiel de maladie.

Nous avons étudié les bactéries provenant de diverses sources géographiques, dont 92 isolats provenant d`origines mondiales et 98 de Chine, qui représentent la diversité génétique révélée par le biotypage, le ribotyping24 et le grand deletions25 ainsi que les isolats spécifiques aux pays de Madagascar (82 isolats; Tableau 3 supplémentaire) et aux États-Unis (651; Tableau 4 supplémentaire). Nous avons également testé huit Pestoides isolates10, y compris la souche Angola, pour laquelle aucune information n`est disponible sur la source autre que son nom. Les SNP ont été découverts par reséquençage et comparaison de 147 souches d`origine mondiale. Pour cette étude, le microarray de reséquençage a été conçu en incorporant des régions uniques de six génomes de référence: CO92 (Parkhill et al. 2001), KIM (Deng et al. 2002), Antiqua, Microtus 91001 (Song et coll. 2004), Népal 516 (Chain et al. 2006), et Y. pseudotuberculosis IP32953 (chaîne et al.

2004), d`où un ensemble minimal de fragments contigus non redondants a été développé. Tout d`abord, l`ensemble de tous les 25-mers uniques présents dans les séquences source a été identifié, et la première occurrence de chaque 25-mer unique par ID de séquence et la position a été choisie. Ensuite, six bases ont été jointes de chaque côté de chaque 25-mer choisi pour fournir le contexte pour la découverte SNP. Les séquences adjacentes ont été fusionnées en fragments. Des séquences uniques ont été carrelées. Ces séquences de référence ont fourni 7,85 Mo de positions potentielles de SNP après que des régions redondantes, telles que des éléments de séquence d`insertion et des régions répétées, aient été supprimées.